كثير من الألفاظ القرآنية تكتب بغير الرسم الإملائي، أرجو أن تدلنا على مرجع موثوق مناسب له عناية بالفروق أو بيان مقتضيات الرسم العثماني ونحو ذلك ؟

نعم هذا صحيح، فقد بقيت طريقة كتابة الكلمات في المصحف كما كتبها الصحابة في عهد عثمان بن عفان رضي الله عنهم. وتطورت بعد ذلك الكتابة الإملائية فوقع الاختلاف. وكتب رسم المصحف قد شرحت ذلك بالتفصيل، مثل كتاب (الميسر في رسم المصحف) لـ د.غانم قدوري الحمد، وغيره من كتب رسم المصحف.